O Porto de Setúbal divulgou que está a criar medidas para a redução da poluição dos oceanos com a aplicação de incentivos no tarifário para o tratamento e valorização integral de todos os tipos de resíduos gerados pelos navios durante as suas jornadas no mar, a vigorar já no início de 2022. Estas medidas constam de taxas fixas pelo tratamento de todos os resíduos dos navios, incentivando os armadores a aderirem a esses serviços.
Segundo a administração deste porto, o objectivo é contribuir para oceanos mais limpos, evitando a eventual descarga indevida de resíduos no mar pelos navios e encontra-se entre as melhores práticas dos portos verdes preocupados com as questões da sustentabilidade e protecção do ambiente, estando também enquadrada nas políticas mais avançadas nacionais e europeias nestas matérias. De referir que o porto de Setúbal já está integrado no Projecto Green Award, desde 2005, «privilegiando navios com elevados padrões de segurança e eficiência ambiental».
Os portos de Setúbal e Sesimbra inserem-se em áreas de elevada sensibilidade ecológica. Uma percentagem significativa da área sob jurisdição portuária é constituída por sapais e outras zonas de «grande valor ambiental e de biodiversidade», que são protegidas e dedicadas à Conservação da Natureza.